Компьютерная школа ПГУ была создана в качестве экспериментальной площадки для апробации и внедрения Пермской версии базового курса информатики. Первый набор в количестве 100 человек был произведён в сентябре 1994 года среди учеников 8-11 классов. Директором школы стал доктор физико-математических наук, профессор Русаков Сергей Владимирович. Занятия вели три сотрудника Вычислительного центра ПГУ: Коневских Галина Леонидовна, Овчинникова Галина Николаевна, Шеина Татьяна Юрьевна. Затем штат преподавателей и методистов расширился и в настоящее время он составляет около 15 человек. Занятия в Компьютерной школе ведут сотрудники Компьютерного центра при механико-математическом факультете, преподаватели кафедры прикладной математики, а также учителя информатики пермских школ.

В сентябре 1995 года в школе было открыто старшее отделение, на котором ребята, успешно окончившие курс годового базового курса информатики, смогли изучать основы программирования на языке Турбо-Паскаль. В дальнейшем старшее отделение расширилось за счёт появления новых спецкурсов, таких как "Компьютерная графика","Web-дизайн","Web-программирование" и многих других. Состав спецкурсов постоянно изменяется и расширяется.

Зимой 1996 года было создано младшее отделение школы для учеников 3-6 классов. В основе обучения младших школьников лежит курс "Роботландия", который в игровой форме позволяет освоить детям приёмы работы с текстовым, графическим и музыкальным редакторами, а также основы алгоритмизации.

В разные годы в Пермской области были открыты филиалы Компьютерной школы, в том числе в Кунгуре, Нытве, Краснокамске, Лысьве, Чернушке, Губахе, Уральском. Ряд филиалов были открыты в некоторых районах города Перми.

За период с сентября 1994 года по май 2014 года в Компьютерной школе было произведено 40 наборов учеников (по два набора в год). Команда Компьютерной школы на протяжении нескольких лет становилась победителем и призёром городских олимпиад по информатике, а учащиеся старшего отделения – дипломантами научно-практических конференций школьников. За последние несколько лет от 15 до 30 выпускников школы ежегодно становятся студентами механико-математического факультета Пермского государственного национального исследовательского университета.

Преподаватели школы ведут большую методическую работу. Ими было написано большое количество учебников, учебных пособий, методичек и справочников. В том числе учебник по базовому курсу информатики для 7-9 классов, задачник по информатике в двух томах, методическое пособие для учителей информатики и т.д. Ежегодно Компьютерная школа организует конференцию для учителей информатики "Рождественские чтения", которая, по традиции, проходит в дни зимних каникул. Преподаватели школы неоднократно участвовали в конференции "Информационные технологии в образовании", а также в других научно-методических конференциях. Начиная с 1994 года и на протяжении нескольких лет Компьютерная школа в мае каждого учебного года проводила командные областные турниры по информатике. Кроме них, в 2001 году был проведён турнир "Информашка-2001", а в 2004 - "ТРИЗформашка-2004" для школьников младших классов (организатор турниров - Плаксин Михаил Александрович)

За годы существования школы четверо её преподавателей защитили диссертации: Семакин Игорь Геннадьевич – докторская диссертация (пед.наук) в 2002 году, Миндоров Николай Иванович – кандидатская диссертация (пед.наук) в 1999 году, Перескокова Ольга Ивановна – кандидатская диссертация (тех.наук) в 2003 году, Шкарапута Александр Петрович – кандидатская диссертация (физ.-мат. наук) в 2007 году.

В сентябре 2004 года Компьютерная школа ПГУ отметила своё десятилетие, на празднование которго пришли некоторые выпускники Компьютерной школы, а также бывшие и действующие преподаватели. В 2014 году Компьютерной школе исполнилось 20 лет.